Pada awalnya STIE Bentara Persada adalah sebuah lembaga pendidikan yang merupakan bagian dari pelayanan masyarakat di bidang pendidikan dari Yayasan Bentara Persada. Yayasan ini dibentuk oleh Gereja Katolik di Keuskupan Pangkal Pinang atas dasar keyakinan bahwa “Kegembiraan dan harapan, duka dan kecemasan orang-orang zaman sekarang, terutama kaum miskin dan siapa saja yang menderita, merupakan kegembiraan dan harapan, duka dan kecemasan Gereja Katolik juga” (Gaudium et sp no.1).

Keyakinan itu menjadi realistis, sebab pada tahun 1998, Bangsa Indonesia mengalami krisis keuangan, selain krisis politik. Krisis keuangan membuat orang miskin tidak berdaya. Ketidakberdayaan tersebut muncul pada banyaknya kaum buruh atau pekerja dengan pendidikan rendah. Tak terkecuali di Batam. Keuskupan Pangkal Pinang dan Kongregasi SS. CC ingin mengambil bagian dalam upaya mendukung dan mendorong aktivitas pendidikan yang mampu mengurangi kemiskinan, pendidikan yang mampu mengurangi kejahatan dan kriminalitas, serta pendidikan yang mampu membuat seseorang berwawasan luas dan tidak mudah terprovokasi hal di sekitarannya. Inilah sumbangsih yang kita harapkan untuk masyarakat umum, khususnya masyarakat Kepulauan Riau.

Sebagai salah satu Perguruan Tinggi Swasta di kota Batam, STIE Bentara Persada didirikan pada tanggal 19 September 2000 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor 198/D/O/2000. Sebagai bagian dari karya Kerasulan Gereja Keuskupan Pangkal Pinang sejak awal pendirian, kampus ini berlokasi di Kompleks Sekolah Yos Sudarso Kelurahan Teluk Tering, Kecamatan Batam Kota, Kota Batam. Keberadaan kampus pada lokasi tersebut kini telah berpindah sejak awal tahun akademik 2020/2021 di alamat Jalan Anggrek Blok II, Kelurahan Lubuk Baja Kota, Kecamatan Lubuk Baja, Kota Batam.